导读:非规范翻译产物(如新多肽)的系统鉴定和功能表征将提升对人类基因组的理解,并为细胞生物学提供新的见解。本研究开发了一个包含11,668,944个开放阅读框的高覆盖率肽测序参考文库,并通过超滤串联质谱法识别新肽。这一方法的应用,使得从正常胃组织、胃癌组织及不同细胞系中发现了8945个此前未注释的肽,其中接近一半源自非编码RNA。CRISPR筛选显示1161个肽与肿瘤细胞增殖相关。根据筛选分数、氨基酸长度及多种指标筛选出的肽子集,通过Flag-knockin等多种方法验证了它们的存在及生理功能。
为深入探讨可能的调控机制,研究者们构建了基于人工智能的结构预测及肽-蛋白相互作用网络分析框架,揭示这些癌症相关肽分布于不同的亚细胞位置,并参与细胞器特异性过程。进一步研究表明pep1-nc-OLMALINC、pep5-nc-TRHDE-AS1、pep2-nc-AC0270453及pep1-nc-znf436-as1的相互作用伙伴,以及它们在细胞线粒体复合物组装、能量代谢及胆固醇代谢中的功能。结果显示,pep5-nc-TRHDE-AS1与pep2-nc-AC0270453对异种移植瘤模型的肿瘤生长有显著影响,且这四种肽的异常表达与临床预后密切相关。
总结来说,本研究为非规范蛋白质组提供了全面的表征,强调了这些未注释肽在癌症生物学中的关键作用,为未来的胃癌靶点及药物开发提供理论依据。通过构建人类微肽开放阅读框参考库及超滤浓缩微肽质谱鉴定体系,成功绘制人类胃癌微肽图谱,并开发基于结构-互作的功能预测框架,为微肽研究提供了重要工具与数据资源。
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